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MRIはCTと違って脳のいろいろな断面を作ることや、撮像条件を変えることで脳の中の質的変化を捉えることができます。 また、流れる血流の信号だけを検出して、脳の血管を描出することもできますのでCTよりも応用範囲が広い検査です。 脳だけでなく、脊髄・脊椎の断面像、膝・肩・肘などの関節、胆嚢・膵臓の画像も撮像できます。

MRIは急性期の出血が写りにくい欠点があり、また撮像時間も数十分が必要ですので、小児や高齢者など長時間の安静が保てない方や、 心臓ペースメーカーや体内に磁性体金属がある方には行えません。 「MRIの方がCTより全てにおいてすぐれている」と誤解している人が多いようですが、疑われる疾患や緊急性に応じて、検査を使い分ける必要があります。